Schlüpflinge messen vom Kopf bis zur Schwanzspitze 13 bis 15 Zentimeter Länge, wovon die Kopf-Rumpf-Länge einen Anteil von fünf bis sieben Zentimetern hat. Weibliche Tiere wachsen dann zu einer Gesamtlänge von 80 Zentimetern heran (mit 20-25 cm Kopf-Rumpf-Länge), Männchen werden bis zu einem Meter lang (davon 25-30 cm Kopf-Rumpf-Länge). Die blatt-, blau- oder olivgrüne Grundfarbe wird durch einige cremefarbene Bänderungen unterbrochen. Der Schwanz hat in jedem Alter dunkle, breite Streifen, die zur Schwanzspitze hin breiter werden; die Schwanzspitze ist oft schwarz. Außerdem ist der Schwanz seitlich wie ein Paddel abgeflacht, wodurch die Wasseragame sehr schnell schwimmen kann. Vom Nacken bis hinter die Schwanzwurzel zieht sich ein Rückenkamm.
Die Grüne Wasseragame entwickelt ihre geschlechtsspezifischen Merkmale erst in den ersten 18 Monaten. Jungtiere, die geboren werden, haben keinerlei Anhaltspunkte, um geschlecht-lich auseinander gehalten werden zu können. Ein männliches Jungtier entwickelt sich in der Regel schneller, kräftiger und größer gegenüber seiner gleichaltrigen weiblichen Artgenossen.